Beschreibung

Der Swiss-PdbViewer ist ein benutzerfreundliches Programm, das in Zusammenarbeit zwischen dem Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) und GlaxoSmithKline R&D entwickelt worden ist. Sein Hauptanwendungsgebiet liegt in der Analyse von Proteinen, wofür das Programm eine Fülle von Funktionen bereit hält. So können Proteine übereinandergelegt werden, um strukturelle Ähnlichkeiten entdecken zu können oder die aktiven Zentren der Proteine miteinander zu vergleichen. Auch Aminosäure-Mutationen, Wasserstoffbrücken, interatomare Abstände und Torsionswinkel können einfach erhalten werden. Weitere Optionen sind das Erstellen von Ramachandran-Diagrammen oder die Energieminimierung von Proteinstrukturen.

Der Swiss-PdbViewer ist direkt mit Swiss-Model verbunden, mit dessen Hilfe es möglich ist, aus der Primärstruktur eines Proteins eine mögliche Tertiärstruktur zu berechnen. Die erhaltene Tertiärstruktur kann anschliessend als POV-Ray-Bild exportiert werden. Unter dem folgenden Link können zwei Beispiele für POV-Ray-Renderings angeschaut werden.

Verweise

Kategorien
Chemie, Naturwissenschaft

Zuletzt geändert am 31.01.2007 15:55 Uhr von Walljet ( Besuche)

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